Existen algunas instituciones universitarias que se han vinculado al Departamento Diocesano para elaborar en comunión proyectos de acompañamiento pastoral de acuerdo a la realidad presente de cada Universidad y desde la Universidad. Las instituciones atendidas hasta el momento son:

• Centro de Estudios Superiores de La Salle (CESLAS)
  Aquí se ha desprendido un proyecto de animación comunitaria a través de Retiros espirituales y convivencias recreativas con la finalidad de suscitar una ESPIRITUALIDAD DE COMUNIÓN entre Docentes y Alumnos. Además, se ofrece la atención espiritual a cada alumno en el mismo Campus.
  
  
• Universidad Interamericana del Desarrollo (UNID)
  En conjunto con los coordinadores de Pastoral de la Universidad, se ofrecen subsidios pastorales, donde ellos mismos los aplican bajo la asesoría y acompañamiento del Departamento de Pastoral Universitaria.
  
  
• Universidad del Valle de México (UVM)
  Acompañamiento pastoral elaborando una propuesta de evangelización a ejecutar dentro del mismo Campus, en la que se abordan temas teológicos desde la óptica filosófica y científica.
  
  
• Universidad Autónoma de Nuevo León (UANL: Campus de Ciudad Universitaria y Campus Médico)
  Se trata de una presencia pastoral informal, dentro de sus Campus en el que se ofrece el acompañamiento personal a través de la dirección espiritual y la administración del sacramento de la reconciliación. Además existe un acompañamiento grupal a los alumnos, dentro de los espacios informales y abiertos de la UANL. Con esto se responde al artículo 8º del Estatuto General de las Leyes y Reglamentos de la Universidad Autónoma de Nuevo León, donde no debe existir ninguna forma de proselitismo, ni político ni religioso, ya que como Pastoral Universitaria no se hace difusión masiva de ningún tipo, y el acompañamiento grupal se realiza de la manera más informal posible.
  
  
• Universidad de Monterrey
  Asesoría pastoral al Departamento de Pastoral Universitaria de la misa institución, donde se garantiza el acompañamiento a grupos, administración de sacramentos, asesoría en retiros.
  
  
• Universidad del Norte
  A través del acompañamiento espiritual para alumnos y maestros; predicación de ejercicios espirituales en los tiempos litúrgicos fuertes; administración del sacramento de la reconciliación; preparación pre-sacramental y celebración de congresos eucarísticos al finalizar cada semestre académico, se busca suscitar una evangelización especial dentro de la Universidad para generar una formación humanista impulsada por la caridad.